マッピング – Kim Biology & Informatics

RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする

Kim 2020年2月26日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス 1

RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。参考: RNA-seqのマッピングツール…

RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か

Kim 2019年12月18日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス 3

私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…