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RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス

なんかラボのメーリングリストに有用な新しい論文とか流したりしているが、そもそもボス以外興味を示さない上、技術の話になると誰も反応がなくなることからこれからはこっちに書き留めておくこととする。

今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。

Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinformatics, , btz854, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz854

RaNA-seq に使われている技術

RNA-seqの解析にはこれまで度々記事にしてきたが、結構なマシンパワーとそれなりのコスト・技術・知識が必要となる。

しかし近年開発された「マッピング・カウントをしない」タイプのトランスクリプト定量化手法である “Salmon” (Patro et al., 2017) は非常に低コストで発現遺伝子の定量化が可能である。

ざっくりここで手法を述べておくと、全トランスクリプトームの配列情報、アノテーションをインデックス化し、それに対してアライメントを行い、定量化する。

同様にマッピングを行わない手法としては kallisto がよく知られているが、 Salmon のほうが偽陽性が少ないとかなんとか。

RaNA-seq にはこの Salmon が使用されており、高速に解析が可能というわけである。

どんな感じ?

こらちにアクセスしてみて欲しい。 https://ranaseq.eu/

会員登録が必要だが、基本無料のようだ。

会員登録しないと解析画面も覗けない

本当にただFastqファイルをアップロードするだけで解析ができる模様。

定量化は TPM、解析結果の可視化はもちろんのこと、GO との連携もしているようで、Over presented analysis や、Geneset enriched などの解析ツールが用意されている模様。すべてWeb上で完結する。

参考文献リスト

  • Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinformatics, , btz854, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz854
  • Patro, R., Duggal, G., Love, M. I., Irizarry, R. A., & Kingsford, C. (2017). Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression. Nature methods14(4), 417.