Python – Kim Biology & Informatics

ScipyでDunnettの検定をする

Kim 2024年1月29日 2024年10月24日IT, Python, バイオインフォマティクス, Python 0

　Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。　Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。この…

MyGene.info のAPIを叩いてみる

Kim 2023年9月14日 2024年10月24日Web, ゲノム解析, IT, Python, バイオインフォマティクス, Python 0

　タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。　そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…

【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える

Kim 2020年4月28日 2023年11月27日Web, IT, Python 0

目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り…

OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する

Kim 2019年11月16日 2023年11月27日IT, Python 2

OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築)　OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込むこれによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが…

【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない

Kim 2019年7月28日 2019年7月28日Python, IT 0

問題点 GPyでグラフをプロットしたとき，Dataのみはプロットされるものの，meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった．解決法入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる．必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…

【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる

Kim 2019年7月10日 2019年8月14日IT, Python 1

はじめにガウス過程回帰とは，線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである．説明変数xを入力として，目的変数yを導き出す．詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい．(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない．「こういうのがある…

【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

Kim 2019年4月25日 2020年1月22日Python, IT, Python 0

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…

【Python】scipy.statsを使って正規分布の累積分布関数をプロットする

Kim 2019年1月31日 2020年5月19日IT, Python 0

あまり調べても出てこなかった上に，いちいちPython上でライブラリを使わず積分して求めるやり方とかが出てくるので覚え書きとして．一般的に我々がよく目にする正規分布のあの釣鐘状のグラフは確率密度関数をプロットしたものである．それのプロットの仕方はそこら中に出回っているのでそちらを参照してほしい． …