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【BLAST】tblastnで Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options と出る

アホみたいなミスをして時間を溶かしたので万が一こんなエラーで悩んでいる一のための備忘録

問題点

makeblastdbでデータベースを作成後,クエリーとしてとあるmRNAの配列を用意し,tblastnにかけた

その結果,Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options というエラーメッセージが出る.

解決策

クエリーは塩基配列であり,アミノ酸配列でなかった.

tblastnはアミノ酸配列をクエリーとする検索(データベースを6通りのアミノ酸配列に変換してから相同性検索をする)であるので,そもそもtbalstnを使っているのが間違い

tblastxが正解.

動いた.

終わり.

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