Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時 Kim 2021年3月17日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, FeatureCounts 0 FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと… Continue reading
FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う Kim 2020年12月26日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス FeatureCounts, バイオインフォマティクス, RNA-seq 0 2021/05/25 追記: Ubuntuでのインストール方法を更新 前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、こ… Continue reading