RepeatModelerでアノテーション出来ないTEを分類するcTENOR Kim 2024年10月1日 2024年10月1日ゲノム解析, バイオインフォマティクス ゲノム, ゲノムアノテーション, バイオインフォマティクス, ゲノム解析 0 ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード… Continue reading
GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する Kim 2023年7月18日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, GTF, GFF, ゲノムアノテーション 0 イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが… Continue reading