バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。
現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。
以下のURLから購入することができる。
PDFでの販売が基本だが、Amazon等でも一応販売されている。
若干改定が入ってたりするのでできるだけPDFで買ったほうが良いだろう。
ちなみに一冊ずつ買うと日本円で4,629円だったのであんまり値段は変わらない。
三冊まとめ買いすると安くなるが……。
紙の本は普通のペーパーバックという感じだった。
私はこの一冊目の黄色の本「PYTHON FOR BIOLOGISTS」を終えたのだが、中身としてはすぐに役立つようなバイオインフォマティクスというよりは基本的なPythonのチュートリアルという感じだった。
勉強会のテキストとして扱っていたのだが、もともとPythonができる人間にとっては物足りない内容であった。
print()から始まり、ifやfor、os systemや正規表現等までの基本的なPythonの内容を扱っているが、取り扱うデータがDNAやRNAというところだけが唯一の生物要素という感じ。エクササイズ等の演習問題があるのでそれで復習も可能。
途中実用性を補強するためにROSALINDというバイオインフォマティクス関連のアルゴリズムの演習サイトを使った。こちらはこの本と併せて使うとより効果的だと思われる。エクササイズなどの演習問題はついているが、普通に解答が思いつくかと言われれば微妙な問題であったりするのに対し、ROSALINDは採点までしてくれるからだ。
初学者にとってはこの一冊目からやるべきだろうが、ある程度プログラミング経験者であるなら二冊目(赤色のAdvansed Python for Biologists)からやってもいいだろう。
昨日買ったばかりだが、内容としてはBLASTライクなプログラムを作ったりオブジェクト指向プログラミングを扱ったりとまずまずの難易度なのでこちらから入るのもいいだろう(値段が結構高いので)。
三冊目は買うか検討中。
