タグ: ゲノムアノテーション

背景 近年の次世代、あるいはロングリードシーケンサなどの発展に伴い、生物のゲノム決定が容易になっている。NCBI Genomeなどを覗くと、実に様々なマイナーな生物までゲノムがChromosomeレベルで決定されているのを目にすることが多いだろう。高品質な脊椎動物のゲノムが多く登録されており、アノテ…

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ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード…

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